O ministro André Mendonça autorizou que a Polícia Federal investigue o senador Flávio Bolsonaro, decisão que rapidamente ganhou repercussão no meio político. Entre os que comentaram o caso, surgiram análises defendendo que a medida representa um avanço nas apurações. Outros, no entanto, enxergam que a decisão também está cercada por fatores políticos e pelas relações já conhecidas entre integrantes do cenário conservador brasileiro.
Uma das interpretações divulgadas sustenta que seria um erro imaginar que a autorização da investigação decorre apenas de uma atuação totalmente independente do ministro. Os críticos dessa visão lembram da proximidade pública entre André Mendonça e a ex-primeira-dama Michelle Bolsonaro, que teve papel importante durante a indicação dele ao Supremo Tribunal Federal. Na época, Michelle fez campanha aberta pela aprovação do nome no Senado e comemorou bastante quando a indicação foi confirmada.