Entre os anos de 2014 e 2016, investigações apontaram que um grupo promoveu o desmatamento ilegal de mais de cinco hectares de uma área de vegetação densa, localizada próxima a nascentes, sem obter a devida licença ambiental. Essa ação resultou em graves danos ao meio ambiente e chamou a atenção das autoridades. Além da questão ambiental, o Ministério Público também identificou indícios de corrupção, acusando Laerte Codonho e outras pessoas de efetuarem pagamentos ilícitos tanto a policiais civis quanto a um diretor de obras da cidade de São Lourenço da Serra. O objetivo desses repasses seria evitar que o desmatamento fosse contestado ou punido pelas autoridades.
Como consequência das investigações, Codonho foi condenado por uma série de crimes, incluindo infração ambiental, corrupção ativa de agentes públicos e policiais, além de falsificação de documentos e falsidade ideológica. O magistrado responsável pelo caso determinou que a pena fosse cumprida inicialmente em regime fechado, uma decisão que gerou forte reação por parte do empresário.